เรื่องราวของสามเหมียวยอดนินจา เป็นการพูดถึงความขัดแย้งที่เกิดขึ้นในสมัยเอโดะ เมื่อผู้ปกครองบ้านเมืองอ่อนแอ ไดเมียวจิ้งจอกจอมเจ้าเล่ห์ จึงพยายามยึดครองและใช้อำนาจในทางมิชอบ เขามักจะก่อความวุ่นวายในเมืองด้วยการสร้างสถานการณ์ร้าย ๆ ต่าง ๆ นานา เพื่อก่อกวนความสงบในเมืองเอโดะ
      โชคยังดีที่บ้านเมืองยังคงมีขุนนางฝ่ายดีที่คอยสอดส่องและร่วมมือกับเหล่าซามูไร เพื่อต่อสู้กับอำนาจชั่วร้ายอยู่ ซึ่งทีมซามูไรก็ไม่ใช่ใครอื่น เป็นกลุ่มแมวเหมียวจากร้านพิซซ่าได้แก่ ยัททาโร่ สึคาชิ และ พูรูลุน นั่นเอง เรื่องราวในทุก ๆ ตอนจึงเป็นการที่ฝ่ายซามูไรต้องออกไปจัดการแก้ปัญหาความวุ่นวายต่าง ๆ ที่เกิดขึ้น และนำความสงบสุขของเมืองเอโดะกลับคืน !!